De início, em 2008, quando o modelo de gestão ainda passava por uma estruturação, foi definido um acordo entre o HCFMUSP e a Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo (SES-SP), segundo o qual o Estado cedia recursos ao Hospital das Clínicas que os repassava para o Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (Icesp). Contudo, no final desse mesmo ano, para viabilizar um serviço de saúde especializado foi definido pela SES-SP, em acordo com o Conselho Deliberativo, que o Icesp não seguiria o modelo existente como um instituto dentro do HCFMUSP, mas que a gestão seria realizada por meio da contratação de uma Organização Social de Saúde (OSS).
Assim, tendo em vista o que dispõe a Lei Complementar Estadual nº 846/1998, houve um chamamento público e a Fundação Faculdade de Medicina (FFM) ao manifestar interesse por gerir o Instituto apresentou um Plano Operacional do Icesp sistematizado. No início de 2009, foi estabelecido, então, um Contrato de Gestão entre a Secretaria e a FFM para regulamentar o desenvolvimento das ações e serviços de saúde no Icesp. No período, o HCFMUSP era responsável por fornecer as diretrizes assistenciais, enquanto a FMUSP fornecia as diretrizes acadêmicas.
Em 2011, foi publicada a Lei Complementar Estadual nº 1.160/2011, que transformou o Hospital das Clínicas em autarquia de regime especial. O contrato de gestão se estendeu até 2013, quando ocorreu a migração do Icesp como sendo um dos Institutos dentro da autarquia especial do HCFMUSP, inclusive dentro do Tesouro Estadual, visando garantir uma estabilidade em termos de recebimento de recursos.
No início de 2017 foi assinado um novo Contrato de Gestão com a FFM com validade até 2021, desta vez tendo o HCFMUSP como contratante. Para tanto, o HC precisou criar a mesma estrutura existente na SES-SP, condizente com o próprio Estado, para gerir e monitorar os itens do Contrato de Gestão, como, por exemplo, a criação de uma Comissão de Avaliação do Contrato de Gestão dentro do HCFMUSP.